[Nota del autor: El pasado 7 de abril de 2020, la Dra. Albeyra L. Rodríguez presentó en el programa de Coloqueo ICP la conferencia 500 años de la Inquisición en las Indias: algunos aportes, que da base a nuestra reflexión histórica del día de hoy].
La Inquisición española (su nombre real era el Santo Oficio) llegó a América (las Indias en aquel entonces) cuando el obispo de la diócesis de Puerto Rico, Alonso Manso, es nombrado Inquisidor General de las Indias en 1519. Como en todo tribunal inquisitorial español hubo un segundo inquisidor, fray Pedro de Córdova, pero este muere antes de fungir. Esta primera etapa inquisitorial en América es conocida por los historiadores actuales como la Primitiva Inquisición o la pre-Inquisición en Indias. Se divide en varios periodos, primero, el referente a Alonso Manso (1519-1539), quien se caracterizó por creer que sus facultades provenían de la iglesia, lo que provocó constantes enfrentamientos con las autoridades seculares. Al morir Manso, el Santo Oficio reestructuró los poderes inquisitoriales creando dos provincias (1542-1549): Las islas antillanas y Tierra Firme conformaban una y la otra era Nueva España.
Sin embargo, esta reestructuración no rindió los beneficios esperados por las autoridades en España. Esto da paso a que los obispos retomaran los poderes inquisitoriales que desde el siglo XII tenían y los aplicaran a sus jurisdicciones, la llamada Inquisición Episcopal o Diocesana. En Nueva España (México) los obispos se tomaron muy en serio estas facultades desde 1525 y se dio el caso del franciscano Juan de Zumarraga (1535-1543), quien envió a la hoguera a varios indígenas, acción que llevó a la corona a destituirlo.
En Puerto Rico hubo otro obispo que se facultó con los poderes inquisitoriales y que llevó a la hoguera a tres esclavas acusadas por brujería. Este fue el franciscano Nicolás (de) Ramos. Según la documentación presentada por Cayetano Coll y Toste, el obispo Ramos, desde su llegada a Puerto Rico, se empeñó en buscar sectas de brujería. Al identificar a una arremetió contra ella y llevó a que sus miembros fueran arrestados (1591-1592). Según su informe, estos adoradores del demonio viajaban a unos campos, donde realizaban sus juntas. Se indica que el diablo tenía forma de cabro. Los acusados terminaron confesando sus supuestos crímenes y su sentencia fue recibir azotes y el destierro de la Isla. Los dueños de los esclavos desterrados apelaron la sentencia. Mientras esta apelación era atendida, las esclavas fueron acusadas de reincidir en sus prácticas y un nuevo juicio se realizó. En esta ocasión, tres de las reas fueron condenadas a morir en la hoguera.
Entre los estudiosos de este juicio está el padre Álvaro Huerga Telero (1923-2018), investigador de la historia de Puerto Rico, específicamente, siglo XVI, quien entendió que el obispo Ramos se excedió en sus facultades y condenó a unos esclavos que aun mantenían los ritos y la adoración de sus ancestros africanos. A esto hay que sumar que ya los tribunales inquisitoriales en América, propiamente dichos, estaban en funciones y que el proceder era que las acusadas fueran enviadas a México para su juicio. Claramente, el obispo Ramos no tenía jurisdicción para atender estos casos. No obstante, no llegó a ser reprendido ni amonestado, ya que, a los pocos años de este juicio, y ya habiendo sido nombrado obispo en Santo Domingo, muere.
Este periodo de la Primitiva Inquisición en América se caracterizó por la falta de un tribunal oficialmente establecido. Cuando la corona vio la necesidad de asumir mayor control social y político en el Nuevo Mundo, decidió utilizar una de sus herramientas más eficaces, el Santo Oficio institucionalizado en tribunales. Sin embargo, debemos señalar que el tribunal inquisitorial era uno urbano, por lo cual su extensión en América se vio limitada, aparte de que los territorios que tenían que cubrir eran extremadamente extensos. En América, formalmente, se establecieron tres tribunales: Lima (1570), México (1571) y Cartagena de Indias (1610). Puerto Rico perteneció entre 1571 a 1610 a la jurisdicción de México. Luego de 1610 pasó a ser parte de los territorios de Cartagena de Indias.
Con la llegada de las guerras de independencia en América, el Santo Oficio es una de las primeras instituciones españolas en ser suprimidas, ya que fue representativa de los abusos que la corona española realizaba con sus súbditos en el Nuevo Mundo.